Naczelną władzą Towarzystwa jest Walne Zebranie.
Zarząd i Komisja Rewizyjna stanowią władze wykonawcze.
Prezes: dr hab. Andrzej Suchcitz
Wiceprezes ds. Nauk Humanistycznych i Społecznych: mgr. Jadwiga Kowalska
Wiceprezes ds. Nauk Matematyczno-Przyrodnicznych, Medycznych i Technologicznych: dr inż. Marian Zastawny
Sekretarz Generalny: dr Marek Laskiewicz
Skarbnik: dr Wojciech Rappak
Redaktro witryny dr Andrzej Fórmaniak
Redaktor Rocznika PTNO: dr hab. Joanna Pyłat
Sekretarz ds. Członkowskich: dr Marek Laskiewicz
Komisja Rewizyjna
Przewodniczący: mgr. inż. Wojciech Tobiasiewicz
Członkowie: mgr Rafael Gallera, Małgorzata Staszczak-Goddard